1990-talet utmärks av ett turbulent decennium då det gäller personal, det blir mammaledighet, vikarier, varsel, återanställningar, flera personalbyten och utökning av tjänster under en period har vi ingen personal alls och styrelsen tar ett tungt ansvar. Den ekonomiska lågkonjunkturen i början av 90-talet avspeglar sig på Ängsholmens verksamhet, ett hårt grepp om ekonomin gör dock att Ängsholmen klarar svackan och mot slutet av 1990-talet så har man återhämtat sig med fulla läger och 150 % bemanning på kansliet. Stora förändringar sker i form av ny organisationsform fr.o.m. 1995, KFUK-KFUM blir därmed en självständig juridisk person. Dessutom förnyas hyreskontraktet och förlängs ända fram till 2018. Som tidigare satsas det på ledarutbildningar och under dessa år kommer segling och instruktörsutbildning för höghöjds- och kamratbana i fokus. Den största ekonomiska satsningen är köket som planeras under två år och byggs färdig 1999. Många turer med Ostkustens Marinkommando och Fortifikationsverket om investeringar, fortet och kontraktet.

• Alkoholförbud införs året runt på Ängsholmen (1990)
• Avsaltningsanläggningen installeras
• Södra byn isoleras
• Out door challenge – kamratbanan färdigbyggd (1991)
• Konfirmationsläger återupptas, parallellt har vi bl.a. vildmarksläger
• Tillsynsman anställs på timme,
• Waxholmsbolaget anlitas för transporter av deltagare
• Videofilm som presentationsmateriel (1992)
• Dubbla lägerskolor, lagad mat erbjuds alla grupper
• Loggian byggs ut och blir en inomhusmatsal (1993)
• Transportbåten ”Saga” köps in 1993, ”Myran” går i pension helt och hållet
• Hamnbåten ”Nördic” kommer och går, ”Plåtis” består
• 1994 och 1995 går i fönsterrenoveringens tecken
• Stora satsningar på annonsering och reklam för både sommarläger och specialläger av olika slag
• Kretsloppstankar genomsyrar verksamheten och vi prövar olika varianter av kompost- och återvinningssystem för att slutligen göra stora investeringar i komposter som kan hantera det mesta av vårt matavfall
• Lägerskolorna intensifieras och växer i popularitet
• 1999 byggs det nya köket, samtidigt skrivs nytt kontrakt med Ostkustens Marinkommando, gällande fram till år 2018